Los acuíferos confinados son zonas permeables situadas entre dos acuiclusas (capas constituidas por arcillas, limos, u otros materiales de baja permeabilidad), las cuales se recargan mediante agua que ingresa por la superficie, que se mueve por el terreno y que eventualmente queda atrapada entre capas impermeables. En estos acuíferos, el agua puede encontrarse a diferentes niveles de presión, siempre por encima de la presión atmosférica.
Los acuíferos libres, por su parte, están limitados por el nivel freático en su parte superior, y se recargan directamente por el flujo de agua en el terreno situado por encima de dicho nivel. Un caso especial de acuífero libre lo constituyen las aguas emperchadas, que no son más que acuíferos de pequeña extensión, contenidos en una zona de aeración de un acuífero libre principal, y separados de él por una pequeña acuiclusa.
Para comprender mejor la física de los acuíferos, es importante mencionar, tomando en cuenta el ciclo hidrológico mostrado en la Figura 1, que el agua subterránea se encuentra en un lento (aunque constante) movimiento dentro de los acuíferos y entre los acuíferos. Asimismo, cabe destacar que existe una continua recarga de agua por medio de infiltración desde la superficie y desde lagos y flujos subterráneos; y, al mismo tiempo, una continua substracción de agua subterránea por filtración dentro de efluentes y por bombeo desde pozos profundos.